Autorii acestui proiect au fost, pe tot parcursul desfăşurării, ţinta unor hărţuieli, atacuri şi mistificări de presă impardonabile. Din păcate, unii reprezentanţi autorizaţi ai Patriarhiei Bisericii Ortodoxe Române, între alţii purtătorul de cuvînt oficial, au proferat acuze publice grave şi au făcut autorilor proiectului procese de intenţie, după ce evitaseră să dea curs invitaţiei la dialog venită din partea Ligii Pro Europa.

Membrii echipei de proiect au declarat cu fiecare prilej că această cercetare nu urmăreşte eliminarea predării religiei din şcoli, ci propune ameliorarea educaţiei religioase, astfel încît ea să corespundă interesului superior al copilului şi principiului non-discriminării; am arătat în mod repetat că nu intenţionăm culpabilizarea vreunui cult, ci expunerea acelor practici din învăţămîntul public care creează privilegii şi discriminare; fiecare dintre noi a reiterat cu varii ocazii angajamentul său personal faţă de respectarea libertăţii religioase în România şi a autonomiei cultelor; unii dintre noi, constrînşi de insinuările repetate, de etichetările gen „atei militanţi”  şi-au afirmat deschis afilierea religioasă. În zadar. Cum proiectul avea să atingă o temă de putere şi avea să deranjeze o întreagă încrengătură de interese personale şi colective, dezvăluind faţa mai puţin onorabilă a utilizării sistemului public de învăţămînt pentru realizarea intereselor partizane ale cultului majoritar, în siajul căruia s-au strecurat şi cîteva culte minoritare oportuniste, o întreagă artilerie grea s-a năpustit asupra proiectului, a Ligii Pro Europa şi a echipei de cercetători.

Posibilitatea autorilor de a răspunde acuzaţiilor a fost limitată, nici chiar dreptul la replică în presă nu le-a fost respectat. Astfel, o dezbatere importantă din societatea românescă a fost tematizată într-un mod voit eronat. În locul unei discuţii calificate, unele cercuri de putere clericale au preferat absenţa de la întîlniri, transmiterea de mesaje prin media, stigmatizarea autorilor.

Pentru descurajarea oricăror cercetări privind privilegiile BOR – şi ale altor biserici local majoritare –, în sistemul învăţămîntului public din România, strategia utilizată de liderii de opinie mandataţi să acopere aceste interese a fost intimidarea cercetătorilor şi canalizarea discuţiei spre ţinte inventate, pretinzînd că autorii acestui proiect ar contesta dreptul elevilor la credinţă. Cum dreptul la credinţă este unul intangibil şi inalienabil, susţinătorii campaniei pentru ocultarea relaţiei Ministerului Educaţiei cu Biserica Ortodoxă Română au inoculat publicului percepţia falsă că acest proiect, ca de altfel toţi cei care susţin legitimitatea dezbaterii publice a relaţiei dintre stat şi biserică, atentează la dreptul la credinţă, nesocotind o valoare naţională importantă cum este biserica.

Nu au lipsit din arsenalul de discreditări minciuna, calomnia sau atacul la persoană. Articole de maximă virulenţă la adresa autorilor cercetării de faţă au fost postate pe internet, pe pagini web ca „biserica secretă”, „salvaţi icoanele copiilor”, „altermedia”, „civicmedia” etc., emanînd cel mai adesea cu complicitatea unor jurnalişti cu fundamentalismul religios şi partea întunecată a serviciilor secrete.

Paralel cu desfăşurarea proiectului s-a inflamat şi tema prezenţei icoanelor în şcoli, prilej pentru cei interesaţi în menţinerea privilegiilor BOR din sistemul de învăţămînt public, de a instrumenta o costisitoare campanie de intimidare, denumită „Salvaţi icoanele copiilor”. Campionii isteriei împotriva proiectului de monitorizare a educaţiei religioase în şcoli şi-au găsit tribună şi protecţie mai ales în paginile cotidianului „Ziua”. În atmosfera de ostilitate şi linşaj public întreţinute de grupul „salvatorilor” de icoane, la care s-au adăugat ad-hoc şi unii reprezentanţi ai elitei intelectuale, discuţia raţională despre educaţia religioasă în şcoli, despre respectarea principiilor egalităţii de şanse şi non-discriminării, despre semnificaţia relaţiei dintre stat şi biserică, a fost avortată. Cu excepţia unor analize şi articole pertinente datorate lui Gabriel Andreescu, Zoe Petre, Mihaela Miroiu, Cristian Pîrvulescu, Ovidiu Pecican, Ion Vianu, Renate Weber, Alina Mungiu-Pippidi, Adrian Severin, Alexandru Lăzescu, Ovidiu Şimonca şi alţii, intervenţiile raţionale au fost rare.

Proiectul de faţă este un răspuns documentat la întrebarea privind realitatea de fapt a educaţiei religioase în şcolile publice din România. Dacă va fi studiat cu atenţie şi probitate morală de cei în măsură să contribuie la formularea de noi politici publice în domeniu, se va deschide calea spre o reformă coerentă a educaţiei religioase, în stare să garanteze atît respectarea principiilor unei societăţi democratice şi pluraliste, cît şi dezideratul legitim al respectării tradiţiei şi al asigurării accesului tinerilor la o cultură generală religioasă temeinică şi armonioasă.