După colapsul comunismului, unul din principalele ameninţări la adresa democraţiei şi dezvoltării Europei Centrale şi de Est, inclusiv a României, a fost renaşterea naţionalismului, exploatat — în căutarea legitimităţii lor — de foştii lideri comunişti. Regiuni ca Transilvania, cu o largă varietate etnică, lingvistică şi religioasă, au fost printre cele mai vulnerabile, avînd un potenţial crescut de instabilitate şi tensiune. În mod consecvent, misiunea principală a Ligii PRO EUROPA a fost să contribuie, printr-o mare diversitate de programe şi proiecte, incluzînd în activităţile sale comunităţi locale, asociaţii ale comunităţilor etnice, autorităţi, lideri de opinie, politicieni, la reducerea tensiunilor existente între diferite grupuri etnice şi confesionale şi la neutralizarea mişcărilor naţionaliste existente în Transilvania, prin reconstruirea încrederii, solidarităţii şi înţelegerii reciproce între diferite comunităţii.

Prin activităţile începute în decembrie 1989, LPE s-a preocupat de toate tipurile de prejudecăţi şi stereotipri. A dezvoltat o puternică activitate în domeniul drepturilor omului şi minorităţilor, oferind totodată educaţie şi formare profesională în aria educaţiei civice, dialogului interetnic, tratamentul conflictelor şi prevenirea conflictelor violente, drepturile omului, democraţiei paritare, campaniilor ecologice.