Departamentul de Ecologie al LPE, cu activităţi încă din anul 1990, şi-a propus să realizeze proiecte prin care să pună la dispoziţie bazele de date necesare organizaţiilor neguverna­mentale care doresc să mobilizeze masele largi  în vederea ocrotirii mediului şi a naturii. Întrucît natura spaţiului carpatin nu poate fi ocrotită pe plan local decît în context regional, încă din anul 1990 s-a încheiat un acord de colaborare cu Tisza Klub, Szolnok din Ungaria, organizaţie cu care ne-am angajat la cercetarea mediului de-a lungul rîurilor afluente Tisei.
În decursul anilor au fost efectuate cercetări în bazinul Mureşului, Someşului, Crişurilor, Tisei de specialişti a mai multor domenii — geologi, geografi, pedologi, chimişti, botanişti, zoologi, ecologi din ţările pe teritoriul României, Ungariei, Ucrainei şi Slovaciei.

În anul 2001, la finele lunii august a avut loc, în cadrul unei dezbateri la care au participat reprezentanţii Consiliului Judeţean Mureş, ai Direcţiei Apelor Mureş-Banat şi ai Inspectoratului de Mediu al Judeţului Mureş, prezentarea studiului de caz privind exploatarea de balast pe teritoriul judeţului Mureş şi consecinţele nefaste ale acestuia asupra comunităţilor de vieţuitoare care sînt responsabile de autoepurarea apei Mureşului, organizat în parteneriat cu Asociaţia Rhododendron.

Tot în decursul acestui an s-a lucrat la realizarea volumului bilingv (român şi maghiar) privind starea ecologică a rîului Someş, în parteneriat cu Tisza Klub din Szolnok, Ungaria, şi au început lucrările de pregătire ale conferinţei internaţionale „Lăsaţi rîurile să curgă libere şi curate în bazinul carpatic”.
În această perioadă activitatea Departamentului de Ecologie a fost finanţată de consorţiul Environmental Parnership for Central Europe, alcătuit din Fundaţia pentru Parteneriat Ecologic din România şi fundaţia similară din Ungaria.